Arrêt maladie auto-entrepreneur : quels droits et indemnités journalières ?

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Arrêt maladie auto-entrepreneur : quels droits et indemnités journalières ?

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En cas d'arrêt maladie, les auto-entrepreneurs (micro-entrepreneurs) peuvent percevoir des indemnités journalières versées par l'Assurance maladie pour compenser une partie de leur perte de revenus. Leur montant dépend de votre chiffre d'affaires et de votre type d'activité : vente, prestation de services ou activité libérale.

Quelles conditions remplir pour être indemnisé ? Comment est calculé le montant à partir de votre chiffre d'affaires ? Quel est le délai de carence ? Pourquoi souscrire un contrat de prévoyance ? Coover fait le point sur l'arrêt de travail de l'auto-entrepreneur.

Qui verse les indemnités journalières de l'auto-entrepreneur ?

Ce sont les caisses primaires d'assurance maladie (CPAM) qui versent les indemnités journalières des auto-entrepreneurs. Depuis 2020, la protection sociale des artisans et commerçants (l'ancien RSI, devenu Sécurité sociale des indépendants) est intégrée au régime général : l'Urssaf encaisse les cotisations et la CPAM verse les prestations.

Les auto-entrepreneurs suivent les mêmes règles que les autres travailleurs indépendants. Retrouvez le détail de ces règles dans notre article sur l'arrêt maladie des indépendants. Cette page se concentre sur les spécificités du statut d'auto-entrepreneur.

Quelles conditions pour être indemnisé en arrêt maladie ?

Pour percevoir des indemnités journalières, vous devez :

  • justifier d'au moins 12 mois d'affiliation en tant que travailleur indépendant ;
  • être à jour du paiement de vos cotisations ;
  • avoir un revenu d'activité annuel moyen d'au moins 4 582 € sur les 3 dernières années pour un arrêt commençant en 2026 : en dessous, l'indemnité journalière est nulle ;
  • transmettre votre arrêt de travail à votre CPAM sous 48 heures (s'il est établi sur papier, vous envoyez vous-même les volets 1 et 2).

Comment sont calculées les indemnités journalières d'un auto-entrepreneur ?

L'indemnité journalière est égale à 1/730e de votre revenu d'activité annuel moyen des 3 dernières années, retenu dans la limite du plafond annuel de la Sécurité sociale (48 060 € en 2026). Elle est donc plafonnée à 65,84 € brut par jour en 2026 (ameli.fr).

Spécificité de l'auto-entrepreneur : votre revenu n'est pas votre chiffre d'affaires. Il est obtenu en appliquant à votre chiffre d'affaires l'abattement forfaitaire prévu pour votre activité :

Type d'activitéAbattementRevenu retenuChiffre d'affaires annuel moyen minimum pour être indemnisé
Vente de marchandises (BIC)71 %29 % du chiffre d'affairesEnviron 15 800 €
Prestations de services artisanales ou commerciales (BIC)50 %50 % du chiffre d'affairesEnviron 9 164 €
Activité libérale (BNC)34 %66 % du chiffre d'affairesEnviron 6 943 €
Revenu pris en compte pour les indemnités journalières de l'auto-entrepreneur (seuil de 4 582 € en 2026)

Exemple : arrêt maladie de 10 jours d'un auto-entrepreneur artisan
Pour un chiffre d'affaires annuel moyen de 40 000 € en prestations de services, le revenu retenu est de 20 000 € (après abattement de 50 %). L'indemnité journalière est de 20 000 / 730, soit 27,40 € par jour. Après les 3 jours de carence, il perçoit 7 indemnités, soit 191,78 € brut pour son arrêt.

Les indemnités sont versées dans les conditions suivantes :

  • délai de carence de 3 jours : les indemnités sont versées à partir du 4e jour d'arrêt ;
  • durée maximale : 360 indemnités journalières sur une période de 3 ans. En cas d'affection de longue durée (ALD), les indemnités peuvent être versées jusqu'à 3 ans. Pour les arrêts prescrits à partir du 15 octobre 2026, cette durée est ramenée à 1 an si l'ALD n'est pas exonérante (décrets n° 2026-866 et 2026-867).

Pour estimer le montant de vos indemnités journalières, rendez-vous sur notre outil gratuit.

L'arrêt maladie de l'auto-entrepreneur en activité libérale

En micro-entreprise, vous pouvez exercer toutes les activités libérales non réglementées, ainsi que les professions libérales réglementées qui relèvent de la CIPAV (economie.gouv.fr). Vos droits en cas d'arrêt maladie dépendent de cette distinction :

  • vous exercez une activité libérale non réglementée (consultant, coach, traducteur, développeur, rédacteur...) : vous suivez les mêmes règles que les artisans et commerçants (ameli.fr), avec un abattement de 34 % sur votre chiffre d'affaires ;
  • vous exercez une profession libérale réglementée affiliée à la CIPAV : depuis le 1er juillet 2021, la CPAM vous verse des indemnités journalières pendant les 90 premiers jours d'arrêt, après 3 jours de carence, dans la limite de 197,51 € brut par jour en 2026. Au-delà du 90e jour, la CIPAV ne verse aucune indemnité.

Pour en savoir plus, consultez notre article sur la prévoyance des professions libérales.

L'arrêt maladie de l'auto-entrepreneur également salarié

Si vous cumulez votre auto-entreprise avec un emploi salarié, vous pouvez percevoir des indemnités journalières au titre de chacune de vos activités, à condition de remplir les conditions propres à chacune. Pour votre activité d'auto-entrepreneur, vous devez notamment justifier de 12 mois d'affiliation. Les conditions applicables à votre activité salariée sont détaillées dans notre article sur l'arrêt maladie des indépendants.

Arrêt maladie auto-entrepreneur : comment maintenir ses revenus ?

Les indemnités journalières de l'Assurance maladie restent modestes pour un auto-entrepreneur, puisqu'elles sont calculées sur le revenu après abattement. Elles ne couvrent pas non plus les charges de votre activité.

Un contrat de prévoyance TNS permet de compléter ces indemnités. Grâce à la garantie « maintien de revenu », votre assureur vous verse des indemnités journalières dont le montant est fixé à la souscription, dans la limite de vos revenus. Par exemple, vous pouvez prévoir 50 € par jour en cas d'arrêt de travail.

Faites attention aux délais de franchise prévus par votre contrat. Pendant ces délais, vous ne percevez aucune indemnité de votre assureur. Il en existe le plus souvent un en cas de maladie, un en cas d'accident et un en cas d'hospitalisation. Un délai d'attente (souvent 3 mois pour la maladie) s'applique aussi après la souscription, sauf en cas d'accident : il vaut donc mieux s'assurer avant d'en avoir besoin.

Selon votre contrat, en cas d'incapacité permanente à reprendre votre activité, vous pourrez aussi percevoir une rente d'invalidité jusqu'à l'âge légal de départ à la retraite.

Chez Coover, nous proposons des contrats conçus pour les travailleurs non salariés, dont les auto-entrepreneurs. Grâce à notre comparateur en ligne, vous pouvez comparer les contrats et choisir celui qui vous correspond le mieux, à un tarif compétitif. Vous pouvez obtenir un devis personnalisé gratuitement et sans laisser vos coordonnées personnelles.

Comment contacter l'Assurance maladie pour un arrêt maladie ?

Depuis la suppression de la Sécurité sociale des indépendants, c'est votre CPAM qui gère votre arrêt maladie. Vous pouvez la contacter :

  • depuis votre compte ameli, via la messagerie ;
  • par téléphone, au 3646 (service gratuit + prix d'un appel) ;
  • par courrier, à l'adresse de votre CPAM.

Pour vos cotisations, c'est l'Urssaf qui reste votre interlocuteur.

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Kassamaly 17/03/20

Je suis commerçant artisan, ne pouvant pas travailler pendant le confinement, j’aimerais connaître les démarches nécessaires afin d'être Indemnisé.

Répondre
18/03/20

Bonjour,

Nous vous invitons à lire notre article dédié à ce sujet, récapitulant les aides possibles pour les travailleurs non salariés : https://www.coover.fr/prevoyance/tns/independants-coronavirus. Bon courage à vous.

Cordialement.

Répondre
Ouin 09/04/20

Bonjour
Je suis en arrêt maladie depuis fin février jusqu a fin mai pour cause de feature du genou. Je suis à la fois vacataire de la mairie de levallois (aucune indemnité) et auto entrepreneur depuis 2011. Pour l instant la sécurité sociale a refusé de me verser des indemnités. Puis je prétendre obtenir l aide de 1500 euros de l état pr mars mon CA de mars étant à zéro.!?. J ai peur que cet arrêt de travail envoyé à la secu m en empêche. Et pourtant je ne persois aucune indemnité.
Merci pour votre réponse.
Cdt

Répondre
09/04/20

Bonjour,

Si vous avez un contrat de travail à temps plein, vous ne pourrez bénéficier de l'aide de 1 500 €.

Cordialement.

Répondre
Sébastien 23/04/20

Bonjour et merci. Je suis à la fois salarié intérimaire (mais depuis plusieurs mois à pôle emploi faute de trouver des missions) et micro entrepreneur. Cela fait un mois et demi que je suis en arrêt de travail. Je voulais savoir sur quoi doit se baser la CPAM pour me verser des indemnités, car ce n'est pas très clair pour moi. Merci pour votre réponse.

Répondre
24/04/20

Bonjour,

La CPAM se base sur vos revenus salariés pour déterminer le montant de vos indemnités journalières de sécurité sociale.

Cordialement.

Répondre
Chapel 15/05/20

Bonjour auto entrepreneur j aimerai savoir si je peux me mettre en arrêt pour assistance à mari qui vient de subir une opération lourde du cerveau et qui va suivre par des séances de chimiothérapie à ce jour il ne peux rester seul vu son état de santé merci

Répondre
18/05/20

Bonjour,

Malheureusement, vous ne pouvez pas vous mettre en arrêt maladie dans une telle situation.

Cordialement.

Répondre
Thibert 26/10/22

Bonjour
Je suis auto entrepreneur depuis 1 ans, en tant qu’aide à domicile,
aide ménagère.
Si hélas je tombe malade ou que je me blesse et que je dois interrompre momentanément mon activité qui me paierait pendant mon arrêt maladie si je n’ai pas de prévoyance et sur quelle base et surtout quel montant ?
Merci.

Répondre
Pierre Fruchard 26/10/22

Bonjour,

Vous avez le droit à des indemnités journalières payées par la Sécurité Sociale mais soumises à des plafonds et conditions particulières.

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